經過證監會17個月的調查，7月10日晚間，獐子島公告稱，公司及相關人員收到證監會下發的《行政處罰及市場禁入事先告知書》。告知書指出，獐子島2016年虛增利潤，2017年虛減利潤，且部分公告涉嫌虛假記載。證監會擬對獐子島及24名當事人作出行政處罰。其中，因公司董事長吳厚剛違法行為情節嚴重，證監會除了給予警告并處以30萬元罰款外，還擬對吳厚剛采取終身市場禁入措施。

證監會指出，獐子島蝦夷扇貝成本結轉過程無逐日采捕區域記錄可以參考，財務人員也沒有有效手段核驗。中科宇圖制作的單月拖網捕撈軌跡圖，與獐子島賬面記載的各月拖網捕撈區域有明顯差異。經比對，發現獐子島賬面有重復結轉成本的情形，賬面采捕區域還涵蓋了部分內區，甚至涵蓋了島嶼。

受虛減營業成本、虛減營業外支出影響，獐子島2016年年報虛增資產1.31億元，虛增利潤1.31億元，虛增利潤占當期披露利潤總額的158.15%。2016年年報中利潤總額為8292.53萬元，凈利潤為7571.45萬元，追溯調整后利潤總額為虧損4822.23萬元，凈利潤為虧損5543.31萬元，業績由盈轉虧。

此外，證監會調查發現，獐子島盤點未如實反映客觀情況，核銷海域中，2014年、2015年和2016年底播蝦夷貝分別有20.85萬畝、19.76萬畝和3.61萬畝已在以往年度采捕，致使虛增營業外支出2.48億元，占核銷金額的42.91%；減值海域中，2015年、2016年底播蝦夷貝分別有6.38萬畝、0.13萬畝已在以往年度采捕，致使虛增資產減值損失1110.52萬元，占減值金額的18.29%。

受虛增營業成本、虛增營業外支出和虛增資產減值損失影響，獐子島2017年年度報告虛減利潤2.79億元，占當期披露利潤總額的38.57%，追溯調整后，業績仍為虧損。

2017年10月25日，獐子島披露了《關于2017年秋季底播蝦夷扇貝抽測結果的公告》。根據記錄，當時獐子島秋測使用的是“獐子島科研19”號船。然而，“獐子島科研19”號船在公司記錄的秋測天數內，被航行軌跡證實執行計劃的點位極少，而秋測抽取但未實際執行的66個點位已占秋測全部披露點位的55%。獐子島2017年秋測結果內容已經嚴重失實，涉嫌虛假記載。

獐子島表示，公司及相關人員將根據海洋產業的行業屬性，公司成本結轉及核算的合理依據以及船舶航跡適用性等相關情況，對上述相關擬處罰措施進行陳述、申辯和聽證。